在一个风景如画的英国乡村，自然学家查尔斯·达尔文（保罗·贝坦尼 Paul Bettany 饰）与妻女一起过着恬静的生活一个老农捉了些鸡放在鸡笼里他十岁的大女儿安妮对世界充满好奇，达尔文便教予她很多自然和科学知识，其中还包括他的进化论，然而在世人都相信上帝乃造物主的当时，女儿口中的进化论无疑是危险的，以至于令她被家庭教师体罚，就连达尔文深爱的妻子艾玛（詹妮弗·康纳利 Jennifer Connelly 饰）也无法认同他的观念和研究。更令达尔文受创的是，不久后，小安妮因生病早夭，唯一一个支持他完成学说的力量之源也黯淡了，整理《物种起源》手稿的工作变得犹如逆行荆棘，举步维艰…… 本片改编自达尔文第三代玄孙兰德尔·凯恩斯（Randal Keynes）的传记小说《安妮的盒子》。