第二季中汤姆·莱利饰演的达芬奇为拯救陷入萨帕兹家族的阴谋叛乱危机的佛罗伦城，和同时受了重伤的洛伦佐公交车上一位小伙子上车没有找到座位，就往后一直走达芬奇将挑战身体和精神的极限来保卫来自罗马势力侵袭的佛罗伦城。与此同时，美第奇家族将面临无法置信的新一轮威胁，达芬奇也将继续踏上了他使命之路去寻找《叶之书》，去揭开他母亲的过去历史未知真相。达芬奇很快就意识到等待他前面的是致命的使命挑战 — 比西斯教皇更强劲的敌人！他的探索将带他到异国他乡，重新估价他对世界的认识以及对自我过去的评价。