《深蓝》主要讲述洛杉矶警察局卧底小组的故事。这些人「潜藏」得很深，以至于他们的很多同事根本不知道他们在干卧底工作。Carter Shaw是该小组的行动负责人，但他经常和自己的上级闹矛盾－－当然，他这也是为了自己的同事好，因为卧底工作实在太危险了。在第二季中，Carter Shaw将被迫接受FBI探员Alex Rice（Tricia Helfer）的「领导」，与FBI合作调查几起重要案件。Alex的到来，也将使Carter的个人生活发生巨大改变真厉害。三个主角各有各的烦恼和诉求。也就各自对应着他们的话题。
卧底小组的其他成员包括：Ty Curtis，工作已经导致他和妻子的感情出现裂痕；Dean Bendis，行事鲁莽，如果他不同意上级的命令，他会毫不犹豫地按照自己的想法去行动；Jaimie Allen，曾经当过巡警，很会掩饰自己的过去，Carter挑选她正是看中了她的这个「特点」。
