延续前一集的剧情，狮子亚利克斯（本·斯蒂勒 配音）、斑马马蒂（克里斯·洛克 配音）、长颈鹿麦尔曼（大卫·史温默 配音）、河马格洛丽亚（贾达·萍克·史密斯 配音）以及企鹅们，为了能离开马达加斯加岛回到五光十色的纽约，大家对一架破旧的失事飞机进行维修改造，并成功起飞当大家已经开始庆祝终于可以回到纽约时，飞机却意外降落，迫降到了非洲大草原上在这儿，狮子亚利克斯终于见到了它的父母公交车上一位小伙子上车没有找到座位，就往后一直走但是由于生活习性上太多不一样，而且言行举止各异，使得这群纽约来的动物们显得格格不入。这群昔日纽约中央公园的动物明星们，在这野外艰难的环境中应该怎么办？虽然在这儿遇见了自己的同类，但因为习性不同，使得自己无法完全融入他们的群体。为了能融入环境，与同类们建立良好的关系，大家都施展出各种招式，笑料百出。