本剧以夜间医院和细菌为主题，描写医护人员们解决一个个难题及他们的感情纠葛保萤子(高岛礼子饰)是位单亲母亲，因为工作而无法照顾孩子是众人眼中特别的、冷傲的大久保医生但对自己的孩子其实十分疼爱谦虚不是把自己想得很糟，而是完全不想自己东浩太郎（田边诚一饰）是位有些奇怪的医生，每天都不回家，几乎是住在医院里，他得了自己认为无法治的病，想在生前多做些事情。故事主要围绕麻纪展开，多数是病因也是由于细菌和环境。仲间在剧中的医生有其在圈套中推理破案的形象。麻记(仲间由纪惠饰)是东都综合病院的病理医师，一天因为查出院内的感染病因而使得外科部长辞职，院长不得已只好请她到第二病院工作-也就是所谓的『夜间医院』(只有在晚上7点到凌晨7点营业)工作。这一天，一直接触细胞来判断病状的她转任内科医生，而第一个接触的病人居然是被烫伤的十个月大婴儿山本大，没有临床经验的她被小儿科的东浩医生瞧不起，也被一下班就不见人影的大久保医生训斥，丧气的她顿时丧失了自信，正准备跟院长辞职……就在此时，小山却发生了肺出血……