永远、刹那、诸叶，是继承了妖怪与人类血脉的半妖少女们幼时被卷入森林大火而分离的双胞胎少女，永远与刹那公交车上一位小伙子上车没有找到座位，就往后一直走永远通过能穿越时代树时空的隧道，从战国时代来到了现代。她被戈薇所在的日暮家养育长大，成长为精通武道的女初中生。与此同时，留在战国时代的妹妹刹那，在已经成为除妖师首领的琥珀手下以除妖为业。诸叶是戈薇与犬夜叉的女儿，身为赏金猎人的她拥有“妖怪杀手诸叶”这一称号，每天也是在做着除妖的工作。自从永远与刹那两人分开以来过了10年，穿越时代树时空的隧道再度开启。永远与出现在现代的刹那重逢，但刹那不知为何忘记了永远的事情。包括与刹那一同来到现代的诸叶在内，永远她们这些“半妖的夜叉姬”，开始在现代和战国时代掀起波澜！